Một liên minh xanh – đỏ do Schröder lãnh đạo đã thay thế chính phủ Helmut Kohl ngày 27 tháng 10 năm 1998. Ông ngay lập tức từ chức lãnh đạo CDU và hầu như rút lui hoàn toàn khỏi chính trị. Tuy nhiên, ông vẫn là một thành viên của Bundestag cho tới khi ông quyết định không chạy đua để được tái cử trong cuộc bầu cử năm 2002.

Vụ việc tài chính của CDU

Cuộc sống sau chính trị của Kohl có đặc điểm ở vụ scandal tài chính đảng CDU và bởi những sự phát triển trong đời sống cá nhân của ông.

Một scandal tài chính của đảng bắt đầu bị phanh phui năm 1999, khi mọi người phát hiện ra rằng CDU đã nhận và duy trì các khoản đóng góp bất hợp pháp thời ông còn lãnh đạo.

Những cuộc điều tra của Bundestag vào nguồn gốc những quỹ bất hợp pháp của CDU, chủ yếu được cất giữ trong các tài khoản ngân hàng ở Genève, cho thấy có hai nguồn. Một từ việc bán các xe tăng của Đức cho Ả Rập Xê Út (vấn đề lại quả), trong khi nguồn kia là sự gian lận tư nhân hoá câu kết với cựu Tổng thống François Mitterrand người muốn có 2,550 mảnh đất chưa sử dụng ở Đông Đức cũ cho Elf Aquitaine khi ấy đang thuộc sở hữu của Pháp. Tháng 12 năm 1994 phe CDU đa số trong Bundestag đã cho thực thi một điều luật huỷ bỏ tất cả quyền của các chủ sở hữu hiện tại. Hơn 300 triệu DM trong các quỹ bất hợp pháp bị phát hiện trong các tài khoản tại Genève. Những lô đất có được một cách bất hợp pháp sau đó đã được tư nhân hoá như một phần của Elf Aquitaine và trở thành TotalFinaElf, hiện là Total S.A., sau hợp nhất.

Chính Kohl tuyên bố rằng Elf Aquitaine đâ đề xuất (và trong lúc ấy cũng thực hiện) một cuộc đầu tư ồ ạt vào ngành công nghiệp hoá chất Đông Đức cùng với việc mua lại 2,000 cây xăng ở Đức trước kia thuộc sở hữu của ông ty dầu quốc gia Minol. Elf Aquitaine bị cho là đã cung cấp tài chính một cách bất hợp pháp cho CDU, theo lệnh của Mitterrand, như việc họ thường làm ở các nước châu Phi.

Kohl và các chính trị gia Đức và Pháp khác đã tự bảo vệ mình rằng họ thúc đẩy sự hoà giải và hợp tác giữa Pháp và Đức vì quá trình hội nhập và hoà bình của châu Âu, và rằng họ không có động cơ cá nhân trong việc chấp nhận sự cung cấp tài chính từ nước ngoài cho đảng.

Những vấn đề rắc rối đó vẫn đang được điều tra. Doanh nhân Đức-Canada Karlheinz Schreiber, một đồng minh lâu năm của đối thủ chính trị cũ của Kohl trong CSU Franz Josef Strauß, bị các công tố viên Bavaria truy nã về các tội danh lừa dối và tham nhũng, nhưng Schreiber đã chống lại sự dẫn độ từ Canada về Đức trong hơn 8 năm, từ mùa hè năm 1999. Schreiber đang được tự do nhờ đóng bảo lãnh tại Canada vào thời điểm tháng 4 năm 2008, đã đưa ra một bản khai có tuyên thệ hàm ý chỉ cựu Thủ tướng Canada Brian Mulroney, một đồng minh kinh doanh khác của ông. Thủ tướng Canada Stephen Harper ngày 13 tháng 11 năm 2007, đã kêu gọi một cuộc điều tra công khai để chứng minh những lời khai của Schreiber.

Đời sống sau khi rời bỏ chính trường

Năm 2002, Kohl rời Bundestag và chính thức rút lui khỏi chính trị. Những năm gần đây, Kohl đã một lần nữa được phục hồi lớn trong đảng. Sau khi lên nắm quyền, Angela Merkel đã mời người thủ lĩnh cũ của mình tới Văn phòng Thủ tướng và Ronald Pofalla, Tổng thư ký CDU, thông báo rằng CDU sẽ hợp tác chặt chẽ hơn với Kohl, "để tận dụng kinh nghiệm của chính khách tài ba này", như Pofalla nói.

Ngày 5 tháng 7 năm 2001, Hannelore Kohl, vợ ông, tự sát sau nhiều năm bị photodermatitis. Ngày 4 tháng 3 năm 2004, ông xuất bản cuốn hồi ký đầu tiên của mình, tên là "Hồi ký 1930 – 1982", viết về giai đoạn từ 1930 đến 1982, khi ông trở thành thủ tướng. Phần thứ hai, được xuất bản ngày 3 tháng 11 năm 2005, gồm nửa đầu thời kỳ cầm quyền của ông (từ 1982 đến 1990). Ngày 28 tháng 12 năm 2004, Kohl được Không quân Sri Lanka cứu, sau khi bị mắc kẹt trong một khách sạn bởi Trận động đất Ấn Độ Dương năm 2004.

Ông là một thành viên của Câu lạc bộ Madrid.[13]

Như báo chí Đức thông báo, ông cũng đặt tên mình cho Trung tâm nghiên cứu châu Âu Helmut Kohl sắp ra mắt (hiện là 'Trung tâm nghiên cứu châu Âu'), là nền tảng chính trị mới của Đảng Nhân dân châu Âu.

Tháng 4 năm 2008, Kohl được thông báo là đang được chăm sóc y tế đặc biệt vì một vụ tai nạn đầu năm đó, và không thể nói được. Sau khi hồi phục, ông lấy đối tác 43 tuổi, Maike Richter, ngày 8 tháng 5 năm 2008.

Ông mất ngày 16 tháng 6 năm 2017 tại quê nhà, hưởng thọ 87 tuổi.